Córdoba llega al San Luis proveniente del Atlético Nacional del futbol colombiano, su debut fue en el 2006 en La Equidad, equipo que ascendió a la Primera División en el primer año del jugador y, en el 2008, ganó la Copa Colombia con este equipo.
Tras su buen año con La Equidad, recibió propuesta del Steaua de Bucarest y del FC Amkar Penn para emigrar al futbol europeo, pero no se concluyeron las negociaciones y se mantuvo con el cuadro de Colombia; tuvo complicaciones para poder salir de La Equidad, por lo que sus fichajes con el Santiago Wanderers de Valparaíso y el Atlético Rafaela, no fueron fáciles. Pero tuvo oportunidad de esperar y llegar al Atlético Nacional en este 2012, equipo con el que consiguió la Súper Liga de Colombia y la Copa Colombia.
Así, con la llegada de Jherson Córdoba, se suman 8 fichajes procedentes de Colombia en este mercado invernal, que dará la oportunidad de ver nuevas caras en el futbol mexicano. El colombiano reportará con el San Luis en días próximos.